Con autofirma es posible poniendo que la firma por defecto sea visible.
Ahora damos firmar y elegimos el área donde firmar, en un lateral en mi caso.
Elijo todas las páginas y doy siguiente para en la siguiente pantalla jugar con el formato de la firma (se puede rotar, en mi caso lo hago) y dar aceptar.
Ahora elegimos el certificado y dónde guardar esos PDFs firmados...
Habremos firmado 200 ó 300 PDFs con una firma lateral en medio segundo.
Autofirma es muy potente, hace falta imaginación...